日前，國務院正式印發文件，同意建立國務院口岸工作部際聯席會議制度，同時撤銷國家電子口岸建設協調指導委員會，其職能并入聯席會議。聯席會議的主要職責是：在國務院的領導下，統籌協調全國口岸工作。研究確定并推進實施口岸重大改革方案和政策措施；協調解決全國口岸改革發展中的重大問題；推進口岸通關中各部門的協作配合；指導和協調全國及各地方電子口岸建設等。聯席會議由中央編辦、外交部、發展改革委、工業和信息化部、公安部、財政部、環境保護部、交通運輸部、農業部、商務部、人民銀行、海關總署、稅務總局、工商總局、質檢總局、港澳辦、林業局、鐵路局、民航局、外匯局、總參謀部等21個部門和單位組成。國務院分管口岸工作的領導擔任聯席會議召集人，海關總署主要負責同志和協助分管口岸工作的國務院副秘書長擔任副召集人，其他成員單位有關負責同志為聯席會議成員。聯席會議辦公室設在海關總署，由國家口岸管理辦公室承擔日常工作。
建立國務院口岸工作部際聯席會議在當前形勢下對于改進口岸工作支持外貿發展十分迫切，且具有重要的意義。目前，口岸工作總體上還存在口岸布局不盡合理、法制體系不健全、綜合執法不到位、協調機制不健全、通行效率不高、企業通關成本高等問題，特別是在全國294個口岸上，均有多個口岸執法部門對進出境的貨物、人員、交通運輸工具及物品實施查驗監管，協調是否有力、有效，直接影響到綜合執法效能的發揮，通關效率的提升。
為貫徹落實黨的十八屆三中、四中全會作出的“實現口岸管理相關部門信息互換、監管互認、執法互助”和“完善執法程序、推進綜合執法”的決定，推動實施“一帶一路”、京津冀協同發展、長江經濟帶三大戰略，在當前我國經濟發展進入新常態，口岸工作中還存在一些影響外貿穩定增長和轉型升級深層次矛盾和問題的情況下，迫切需要加強口岸工作的頂層設計，建立健全更具權威的協調機制，以統籌協調全國口岸工作。為此，半年以來，國務院在相繼出臺《落實“三互”推進大通關建設改革方案》、《關于改進口岸工作支持外貿發展的若干意見》等重要政策文件后，又批復同意建立國務院口岸工作部際聯席會議制度。
原“國家電子口岸建設協調指導委員會”的背景是：為推動電子口岸建設，加快建立大通關統一信息平臺，改善投資環境，降低企業成本，國務院辦公廳于2001年成立了“口岸電子執法系統協調指導委員會”，2006年更名為“國家電子口岸建設協調指導委員會”，國務院辦公廳分管副秘書長任主任，海關總署分管領導任副主任委員，成員包括發展改革委、公安部、財政部等17個部門的分管領導，辦公室設在海關總署。此次撤銷國家電子口岸建設協調指導委員會，將其職能并入聯席會議，是為了從更高層面統籌協調電子口岸建設以及全國口岸工作。
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