進(jìn)口貨物的特許權(quán)使用費(fèi)是需要繳納關(guān)稅及進(jìn)口附加稅的，根據(jù)海關(guān)總署2019年第58號公告（關(guān)于特許權(quán)使用費(fèi)申報(bào)納稅手續(xù)有關(guān)問題的公告）對存在需要向賣方或相關(guān)方直接或間接支付與進(jìn)口貨物相關(guān)的應(yīng)稅特許權(quán)使用費(fèi)，無論是否已經(jīng)包含在進(jìn)口貨物實(shí)付，應(yīng)付價(jià)格中都應(yīng)在“支付特許權(quán)使用費(fèi)確認(rèn)”欄目中填報(bào)“是”。進(jìn)口時(shí)已經(jīng)支付的，已支付金額填報(bào)在雜費(fèi)欄。進(jìn)口后支付的，應(yīng)在30日內(nèi)向海關(guān)申請?zhí)卦S權(quán)使用費(fèi)后續(xù)征稅。（貿(mào)易方式：9500）
2023年1月拱北海關(guān)對珠海某科技有限公司實(shí)施稽查，發(fā)現(xiàn)該企業(yè)在2018年-2021年間向海關(guān)申報(bào)進(jìn)口藻粉等貨物，漏申報(bào)特許權(quán)使用費(fèi)110萬元，并且存在特殊關(guān)系申報(bào)為否，實(shí)際為是的情況。海關(guān)依照《中華人民共和國海關(guān)行政處罰實(shí)施條例》第十五條之規(guī)定，對企業(yè)科處罰款人民幣23萬余元。
根據(jù)企業(yè)的公開情報(bào)，海關(guān)很容易就能判斷買賣雙方是否有特殊關(guān)系，所以瞞報(bào)特殊關(guān)系并不可取。
而特許權(quán)使用費(fèi)如果沒有包含在貨物進(jìn)口價(jià)格內(nèi)，要對外付匯就要按非貿(mào)易方式付款。而海關(guān)通過企業(yè)提供的付匯數(shù)據(jù)，外匯管理局的相關(guān)數(shù)據(jù)，就能查找到相關(guān)線索，順藤摸瓜找到企業(yè)的違規(guī)線索。
在企業(yè)中通關(guān)部門往往不知道企業(yè)存在特許權(quán)費(fèi)用支付的情況，而相關(guān)部門也不知道海關(guān)對特許權(quán)使用費(fèi)的相關(guān)規(guī)定，信息流通不暢導(dǎo)致問題產(chǎn)生。如何確認(rèn)企業(yè)是否存在特許權(quán)使用費(fèi)支付情況，企業(yè)的通關(guān)部門和財(cái)務(wù)部門可以聯(lián)動(dòng)，定期確認(rèn)非貿(mào)易付匯的內(nèi)容，財(cái)務(wù)賬本上有注明每筆付匯的明細(xì)內(nèi)容，如果有與特許權(quán)專利費(fèi)相關(guān)的內(nèi)容要主動(dòng)向海關(guān)申報(bào)。
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